yum update
したら、800以上のファイルが更新された。
kernelもアップされていた。
しかし、gccは古いのがまたインストールされた感じだから、再インストール。
（リンクエラーや警告がたくさん出たけど、まあ多分大丈夫だろう。ちゃんと動いていた時のバックアップがあるので、怖いものはない）

@toneji おつかれさまです　笑
不思議なのは、/etc/profile.dにスクリプトを作成してあれば、サーバ再起動後に有効になるはずなんですけどねー、pathとか関係あるのかなーうーん....。

@suetan ちなみに、rootの.bash_profileに何かPATHは書いてますか？

@toneji 私は自分では特に何も書いていないのですが、下記のようになっていました。

# .bash_profile

# Get the aliases and functions
if [ -f ~/.bashrc ]; then
. ~/.bashrc
fi

# User specific environment and startup programs

PATH=$PATH:$HOME/bin

export PATH

@suetan 僕の.bash_profileはいろんなPATHで一杯ですがw

この
export PATH
という一文が気になるんですよね。
元々あったのですが、削除したんですよね。

@toneji @suetan 横から。環境変数として登録されていない変数はexportしないと環境変数として認識されません

@kPherox @suetan PATH=$PATH:$HOME/bin
は環境変数、ということですか？

@suetan @kPherox シェルスクリプトで起動させているのなら、PATHをしてしなくても動く、という理解は間違っていますか？

@toneji @kPherox 質問の意味が取りづらいのですが、pathとは単に、フルパス指定しなくてもそのディレクトリ(フォルダ)の中を探してくれるっていうだけなので、実行したい対象をフルパスで呼べるようになっていれば、それだけでOKです。
スクリプトになっているかどうかは無関係ですが、スクリプトの種類によってはpathを考慮しないで自分の環境に合わせてスクリプトの中でなんとかしてくれるような種類のスクリプトもあると思います。

@suetan @kPherox すみません、僕も自分が何質問しているか、よくわかっていませんw
単純に考えて、こんなにいろんな方法を試してみたけど、上手くいかないのは、そもそもPATHを設定すると言うことに問題あるのでは？と考えてみただけです。